FreeBSD で Python のデフォルトバージョンを変えたら py-gobject3 がうまくアップデートできなかった話

　久々に書き込んでいる気がする…。
　今回は FreeBSD で Python のデフォルトバージョンを変えた時のトラブルの話を書こう。

　何をしたかと言うと，FreeBSD 上のアプリケーションとしていろいろあるのだが，Python もインストールされている。 Python は Python 自体を使いたいというよりは，他のアプリケーションとの依存関係で勝手にインストールされる。 ついこの間まで，なぜかうちの FreeBSD の python の default version は 3.8 に指定してあった。 もう 3.11 が出てるのにね。でも，まぁ，現時点では 3.9 がまだ FreeBSD 上でのデフォルトとなってるから，そこまでひどくはないと思うけど…。 ちなみに default version が 3.8 から 3.9 になったのは 2022/6/26 なんだけどね (現在は 2023/3 末)。

　なぜ急に default version をあげようと思ったかというと，ふと /usr/ports/UPDATING で python で検索したら，2022/6/26 に python の default version を 3.8 から 3.9 にした，と書いてあったから。 そこで，その 2022/6/26 の記載に従って処理をしてみた。
概略は，

(1) /etc/make.conf で python のデフォルトを指定してあったのをコメントアウトした。
(2) root 権限で以下を実行した。

  # portmaster -o lang/python39 python38
  # REINSTALL="$(pkg info -o "*py38*" | awk '{printf "%s ", $2}')"
  # pkg delete -f "*py38*"
  # portmaster $REINSTALL
  # REBUILD=$(pkg query -g "%n:%dn" '*' | grep py3 | grep -v py39 | cut -d : -f 1 | sort -u)
  # portmaster $REBUILD
  # REBUILD2=$(pkg list | grep python-38 | xargs pkg which | awk '{print $6}' | sort -u)
  # portmaster $REBUILD2

(3) 最後に "pkg remove python38" を実行して，/usr/local/lib/python3.8/ ディレクトリになにか残ってたら手動で消す。
というもの。

　で，エラーが起こったのは（まぁ，当然といえば当然だが）(2) の実行時。その中でも「portmaster $REINSTALL」ってのを実行中にエラーがでた。 これは，直前で python 3.8 で作られたアプリケーションを消し，それらを python 3.9 で（デフォルトで）作り直す，というコマンド。 それが最後まで実行されなかった。見ると途中に「ERROR」という文字が見える。 portmaster というコマンドは，複数のアプリケーションのアップデートを順にやってくれるが，どれかのアップデートでエラーが起こると，その先は実行してくれない。 今回見ていると，どうも「/usr/ports/devel/py-gobject3/」というアプリケーションのアップデート時にエラーを吐いていた。 エラーメッセージ（一部）はこんなんやった。

ERROR: Unhandled python OSError. This is probably not a Meson bug, but an issue with your build environment.
WARNING: Running the setup command as `meson [options]` instead of `meson setup [options]` is ambiguous and deprecated.
===>  Script "configure" failed unexpectedly.
Please report the problem to desktop@FreeBSD.org [maintainer] and attach the
"/var/ports/usr/ports/devel/py-gobject3/work-py39/pygobject-3.42.2/_build/meson-logs/meson-log.txt"
including the output of the failure of your make command. Also, it might be
a good idea to provide an overview of all packages installed on your system
(e.g. a /usr/local/sbin/pkg-static info -g -Ea).
*** Error code 1

　見ると，「/usr/ports/devel/py-gobject3/」という文字列が目に入った。つまり「py-gobject3」のアップデートに失敗している。 そこで，とりあえず環境変数「$REINSTALL」の中身を「echo $REINSTALL」として表示させ，py-gobject3 以外を portmaster でアップデートするとうまくいった。 しかし，その後のプロセスで py-gobject3 を使うみたいで再びエラーがでた。

　仕方ないのでネットワークのお世話になり，検索をかけると，https://bugs.freebsd.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=238254 というページにたどり着いた。読んでみると，どうも「/usr/ports/devel/gobject-introspection/」をインストールしなおせ，と書いてある。 「pkg info -aI」として調べると，確かに「gobject-introspection-1.76.1,1」がインストールされていた。

　そこで「/usr/ports/devel/gobject-introspection/」（gobject-introspection-1.76.1,1）をインストールし直してから (make install として，重複してるとエラーがでたら make deinstall install clean とした)，「py-gobject3」を portmaster でアップデートしたらうまくいった。 何がおかしいのかよくわからないが，時々起こる似たような現象がおこる。何かのサブルーチンが最新になってなかった，ということみたいやけど，それ以上はいいことにしてしまった…。

FreeBSD で libxml2 のアップデートしたら，多くのアプリケーションが動かなくなった

　2022年3月26日に FreeBSD 上のアプリケーションのアップデートをしていたら，急に多くのアプリケーションが動かなくなった。 その顛末を書こう（まだ終わってないけど…）

　ことの起こりは FreeBSD 上で portupgrade をしたことに始まる。 まぁ，ホントは他のアプリケーションのアップデートができない，といわれてごそごそやっていたのだが…。 そのごそごそやっている時にメモを残しているのだが，そこで新しく emcas でファイルを作ろうと思った。 そしたらいきなり

ld-elf.so.1: /usr/local/lib/libxml2.so.2: version LIBXML2_2.4.30 required by /usr/local/bin/emacs not defined

と言われてしまった。

その時点での libxml2 のバージョンは

% pkg info -aI | grep libxml2
libxml2-2.9.13                 XML parser library for GNOME
py38-libxml2-2.9.13            Python interface for XML parser library for GNOME
py38-lxml-4.8.0                Pythonic binding for the libxml2 and libxslt libraries

だった。「libxml2」自体のバージョンは「2.9.13」だった。 説明を見る限りでは，この libxml2 は GNOME 上で XML のテキストファイルの解析（解釈？）をするものみたい。 なので，GNOME 上で動きそうなアプリケーションではかなり影響を受けそうな感じだった。 私の場合はそれが emacs だった。

FreeBSD で print/tex-luatex/ と japanese/tex-ptex/ のアップデートがうまくできなかった件

　つい最近（2022/2/18 付）で，FreeBSD 上で ports を使った gdal のアップデートがうまくできなかった件について書いた。 その時は，最終的には gdal を一度 pkg delete してインストールし直すとうまくいったのだが，今回も同じだった，というお話。

　現在，個人的な web site 用に FreeBSD を運用している。 今のバージョンは「FreeBSD 12.2-RELEASE-p7」となっている。そろそろ 12.3 とかに上げないといけないかなぁ，と思っているところ。 それはさておき，今回も前回の gdal の件と同じく，ports 経由で portmaster を使ってアプリのアップデートをしようとした。 すると，うまくアップデートできないものがあった。

それが

・tex-luatex-0.80.0_24 
・ja-tex-ptex-3.6_1 

だった。

　実は，他にも print/texlive-full とか print/tex-dvipdfmx もエラーが出たのだが，各 ports に移動してから「make install」としたら，重複したアプリがあるから一度「make deinstall」してインストールし直せ（make install），と出たので，その通りにしたらちゃんと最新アプリをインストールできた。 しかし，luatex と ja-tex-ptex はそれでもだめだった。

FreeBSD で graphics/gdal/ のアップデートがうまくできなかった件

　現在，個人的な web site 用に FreeBSD を運用している。 今のバージョンは「FreeBSD 12.2-RELEASE-p7」となっている。

そこで，ports 経由でアプリケーションを管理しているが，portmaster でアプリのアップデートをしようとすると「gdal-3.3.3_2」のアップデートでエラーがでた，という話。

　まずは，いつものように「# portsnap fetch update」で ports を最新にし，それから「portmaster -aDG --no-confirm」でアプリケーションをアップデートしようとした。 すると，なぜか「gdal-3.3.3_2」から「gdal-3.4.1」へのアップデートでエラーがでた。
エラーメッセージは以下のような感じだった。